A peine rentré de mission, MacGyver est sollicité par Sarah Adler qui a retrouvé la trace de Nikki Adler. A leur grande surprise, celle-ci leur révèle qu'elle est un agent infiltré de la CIA. Depuis six mois, elle enquête sous couverture pour débusquer une taupe au sein du gouvernement. Cet agent double fournirait des informations à une organisation terroriste qui cherche à nuire à la fondation Phoenix. Sans être totalement convaincu par Nikki, MacGyver accepte de l'aider...