Après avoir mystérieusement disparu, Riley pirate le réseau informatique de la NSA dans lequel elle enregistre un faux mémo faisant état d'un plan d'attaque imminent contre la Chine. Alarmé, Pékin menace de déclarer la guerre aux Etats-Unis. Persuadés que la jeune femme n'a pas agi de son plein gré, MacGyver et Jack, épaulés par Bozer, tentent de la retrouver avant le FBI. De son côté, au vu des antécédents de l'informaticienne, Patricia Thornton n'a aucun doute sur sa culpabilité. Grâce aux compétences en informatique de Bozer, les trois hommes localisent l'ordinateur de Riley à Vancouver. Ils se rendent sur place où ils sont témoins d'une scène inquiétante...