Bayerns Naturdenkmäler beweisen, dass die Naturgeschichte Bayerns seit Jahrmillionen im Wandel ist. Bernhard Rübe stellt einige dieser unter Naturschutz stehenden Landschaftselemente vor. Im ersten Teil geht der Filmemacher dem Ursprung des Kalks in der Alpenregion und dessen Abtragung durch Quell- und Sickerwasser, seiner zerstörerischen Kraft und der Neubildung in den Voralpenregionen Südbayerns nach. Als Eis und in flüssiger Form zersetzt es, hinterlässt auf seinem Weg viele kleine Naturwunder, begründet die Lebenswelt der Alpenflüsse und legt die landschaftlichen Grundlagen für Seen, Täler und Wälder. Das Wasser schafft Tuffformationen, gräbt sich durch Felsmassive und Moränenhügel und füllt Gletschermulden. Seen entstehen, verlanden und lassen Hochmoore gedeihen.